税務調査当日の流れを表にすると以下の通りです。
時間 内容
午前9時半 調査スペースの確保、資料等準備
午前10時 挨拶、名刺交換、調査開始
正午 税務署側のお昼休憩（調査員外出）
午後1時 調査再開
午後4時 調査終了
税務調査自体は、午前10時くらいに始まります。そのため、30分前には色々と準備を済ませておきましょう。
税務調査官が調査を行うには、机といすが必要です。院長室かスタッフルーム、あるいは打ち合わせ室を使うことになりますが休診日の日であれば、待合室にテーブルをおいてもいいでしょう。
調査資料がきちんと用意できているかを最終確認しましょう。
調査官は、税務調査の相手と昼を共にすることはありません。そのため、12時になりましたら、約1時間外出します。お茶はペットボトルでサービスすればよいでしょう。最近は、お客用の給水（湯）機も待合室にあると思います。
10時になりますと、税務調査官は身分証を提示します。こちらも税理士と医者が名刺交換に応じます。当然、税理士はバッジをつけ、税理士証票を提示します。
休診日がベターですが、そうでない日に税務調査を行う場合には、裏口から入ってもらいましょう。
16時か17時には調査終了となります。